Indeks Ksiąg Zakazanych istniał w Kościele katolickim ponad cztery wieki. Kongregacja Nauki Wiary zniosła go formalnie 14 czerwca 1966. Jednocześnie zaznaczono, że obowiązuje jego wymiar moralny, tzn. wezwanie wiernych, by w sumieniu wystrzegali się czytania książek, których treść może zagrażać wierze.
Decyzję Kongregacji potwierdził Paweł VI dekretem z 14 listopada tegoż roku. Zniesienie Indeksu było jednym z pierwszych konkretnych owoców zakończonego pół roku wcześniej Soboru Watykańskiego II oraz swego rodzaju „wiosny Kościoła", której bardzo pragnął papież Montini.
Kongregacja, powoławszy się na autorytet Ojca Świętego i przypomniawszy o „wypływającym z samego prawa naturalnego wymogu" unikania pism, które mogą zagrozić wierze i zwyczajom, podkreśliła, że Indeks już nie istnieje „wraz z towarzyszącymi mu cenzurami”. Zapewniła też o zaufaniu, jakie pokłada w „dojrzałym sumieniu wiernych, zwłaszcza autorów i wydawców katolickich oraz tych, którzy zajmują się wychowaniem młodzieży". Wielkie nadzieje pokłada również „w czujnej trosce poszczególnych ordynariuszy i konferencji biskupich, którym przysługuje prawo i obowiązek badania oraz zapobiegania wydawania szkodliwych ksiąg, a w razie potrzeby upominania i ostrzegania ich autorów”.
Chociaż początki Indeksu sięgają drugiej połowy XVI wieku, to należy pamiętać, że już w starożytności Kościół zarówno na Zachodzie, jak i na Wschodzie dbał o to, aby pisma autorów uznanych za heretyków lub przynajmniej zawierające treści heretyckie, nie trafiały w ręce wiernych. Wiadomo np., że cesarz Konstantyn po Soborze Nicejskim (325 r.), na którym potępiono pisma Ariusza, zażądał od poddanych (pod karą śmierci) pozbycia się i spalenia wszystkich dzieł tego herezjarchy i jego zwolenników. Podobnie po potępieniu przez Sobór Efeski w 431 Nestoriusza cesarze Teodozjusz II i Walentynian III w 435 nakazali spalenie wszystkich jego dzieł, grożąc przy tym najsurowszymi karami tym wszystkim, którzy się do tego nie zastosują. W tamtym okresie sobory i synody potępiały czyjeś poglądy i naukę, a władze świeckie nakazywały spalenie dzieł ich autorów. Ale w 681 Sobór Konstantynopolitański III już sam polecił zniszczyć potępione na nim pisma i odtąd stało się to już zasadą. Jednakże jeszcze do początków XIII w. nie sporządzano konkretnych spisów ksiąg i pism, których nie należy czytać.
Sprawa nabrała przyspieszenia, gdy w Europie Zachodniej zaczęły się pojawiać w XIII wieku nowe ruchy heretyckie: waldensi, albigensi na południu Francji czy John Wycliffe i jego zwolennicy w Anglii. Ponieważ jednym z elementów ich nauczania było tłumaczenie Pisma Świętego na współczesne im języki (prowansalski i angielski), przeto synod prowincjalny w Tuluzie w 1229 zakazał posiadania jakiejkolwiek części Biblii przez świeckich na terenie diecezji tuluskiej. Potem zakazy takie objęły ludowe przekłady Pisma Świętego w innych krajach. Wszystkie te działania miały jednak charakter raczej lokalny i sporadyczny i dopiero czasy Odrodzenia i Reformacji oraz zasięg zachodzących wówczas procesów, które w praktyce ogarnęły całą ówczesną Europę, zrodziły potrzebę całościowego zajęcia się tym zjawiskiem. Zaczęły się wtedy pojawiać, i to w dużych nakładach nie tylko tłumaczenia Biblii na języki narodowe, ale także różne pisma antykatolickie. Za pierwszy kościelny urząd cenzorski można uznać decyzję rady Frankfurtu, która powołała go na wniosek biskupa Moguncji Bertholda von Henneberga w 1486. Wymagano wówczas, aby wszystkie księgi religijne przed ukazaniem się uzyskały zatwierdzenie przez władze kościelne.
W 1511 Juliusz II (1503-13) wydał nową wersję bulli „In Coena Domini" (pierwszą ogłosił Urban V w 1363), zawierającą zbiór ekskomunik, nałożonych do tego czasu przez papieży na konkretne osoby. Dokument wyklinał także tych wszystkich, którzy posiadali, czytali, drukowali bądź rozpowszechniali pisma tych autorów. A w 1543 ówczesny wielki inkwizytor kard. Giovanni Pietro Caraffa (późniejszy Paweł IV) ogłosił, że nie wolno drukować książek bez zezwolenia Kongregacji Inkwizycji. W 1548 arcybiskup Benewentu Giovanni Della Casa (1503-56) wydał krótki traktat „Galateo, czyli o zwyczajach", w którym m.in. zamieścił własny wykaz ksiąg zabronionych do czytania przez świeckich katolików. Zawarte w tym dziele myśli podjęto i rozwinięto na Soborze Trydenckim (1545-63). W 1559 Paweł IV (1555-59), czyli wspomniany G. P. Caraffa, ogłosił pierwszy Indeks Ksiąg Zakazanych, a w 3 lata później – 26 lutego 1562 ojcowie soborowi przyłączyli się do tej inicjatywy papieża, który alarmował, że „aż nadto wzrosła liczba książek podejrzanych i niebezpiecznych, zawierających nieczyste nauczanie, które szerzą one od dawna".
W ciągu wieków ów wykaz był stale rozszerzany o coraz to nowe pozycje, jakie pojawiały się na rynkach wydawniczych w Europie i na świecie. Trafiały tam dzieła takich twórców jak m.in. Kartezjusz, Thomas Hobbes, Aleksander Dumas (ojciec i syn), Gustave Flaubert, Victor Hugo, Immanuel Kant, John Locke, Monteskiusz, Blaise Pascal, Macchiavelli, Giordano Bruno, Galileusz, Baruch Sponoza, Stendhal, Wolter, Emil Zola i wielu innych. Na Indeksie znalazły się nawet niektóre młodzieńcze utwory Enneasza de Piccolominiego, czyli późniejszego papieża Piusa II (1458-64). Na listę tę wpisano też kilku polskich autorów lub przynajmniej niektóre ich dzieła: Andrzeja Frycza Modrzewskiego, Mikołaja Kopernika, Mikołaja Reja i Andrzeja Towiańskiego.
Ten szczególny skorowidz dzieł różnych pisarzy obejmował nie tylko pisma ściśle heretyckie, ale też szeroki krąg książek różnej treści, które w takiej czy innej formie były sprzeczne z oficjalnym nauczaniem Kościoła. Umieszczano tam nawet niektóre pisma Ojców Kościoła, a więc autorów starochrześcijańskich, a także, co bardziej zrozumiałe, książki o treści obscenicznej, wychwalające magię i astrologię. W wielu wypadkach, a w późniejszych wiekach (od końca XVIII w. począwszy) niemal z reguły umieszczenie jakiegoś tytułu na Indeksie papieskim nie tylko nie szkodziło ich autorom, ale przeciwnie, wzmagało zainteresowanie czytelników takimi pozycjami. Od 1559 ukazało się łącznie 16 kolejnych wydań Indeksu: trzy w wieku XVI (w latach 1559, 1564 i 1596), dwa w XVII (1664, 1681), trzy w XVIII (1711, 1758 i 1786), pięć w XIX (1819, 1835, 1877, 1881, 1900) i trzy w XX stuleciu (1929, 1938, 1948).
Zdaniem licznych badaczy Indeks Ksiąg Zakazanych nie był zbyt skuteczną bronią w walce z wpływami protestanckimi i innymi w Kościele ani nie zahamował znacząco postępu nauki. Inkwizycja, która z urzędu czuwała nad zawartością tego wykazu i nad jego przestrzeganiem, nie była w stanie wszystkiego skontrolować, toteż większość wpisanych do niego dzieł swobodnie krążyło po świecie, nierzadko nawet w Kościele. Zniesienie Indeksu było więc w istocie przypieczętowaniem stanu faktycznego, nie stanowiąc żadnej rewolucji w Kościele.
Jednocześnie trzeba pamiętać o moralnym obowiązku wystrzegania się lektury, posiadania i rozpowszechniania pism, książek i innych materiałów (dziś także w mediach elektronicznych), których treść podważa katolickie prawdy wiary i zasady moralności. Należy też uwzględnić, że nadal istnieje obowiązek poddawania książek o tematyce religijnej i kościelnej, a zwłaszcza teologicznej, cenzurze kościelnej, czyli uzyskiwania zgody władz kościelnych na wydanie takich tytułów.
kg (KAI) / Rzym