Dokumenty informujące watykański Sekretariat Stanu o zagładzie Żydów dokonywanej przez niemieckich nazistów zaczęły spływać z różnych stron od wiosny 1942 r. Jednym z nich był list od byłego nuncjusza apostolskiego w Polsce, mówiący o komorach gazowych.
O masowej eksterminacji Żydów przez III Rzeszę Pius XII był najprawdopodobniej poinformowany wcześniej i bardziej szczegółowo niż dotychczas sądzono. Szereg dokumentów, które na to wskazują, przedstawił włoski historyk Michele Sarfatti na międzynarodowym kongresie poświęconym roli tego papieża w latach II wojny światowej, który w dniach 9-11 października obradował na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie pod hasłem „Nowe dokumenty z czasów pontyfikatu Piusa XII i ich znaczenie dla stosunków chrześcijańsko-żydowskich: dialog między historykami i teologami”.
Według uczonego, Sekretariat Stanu Stolicy Apostolskiej był w Europie tą instytucją państwową, która otrzymała więcej informacji o zagładzie Żydów niż jakakolwiek inna w tamtych czasach.
Obok samych prześladowanych i stowarzyszeń żydowskich wiele wiadomości przesyłali do Watykanu duchowni z obszarów, zajętych przez Niemcy, a także dyplomaci papiescy. Ważnym źródłem informacji byli też kapelani wojskowi, którzy opiekowali się żołnierzami włoskimi na froncie wschodnim. Ich roli poświęcano do tej pory zbyt mało uwagi, a przekazywali oni do Rzymu wiele z tego, co widzieli lub słyszeli – stwierdził naukowiec.
Ponad połowa wszystkich Żydów zabitych na obszarach zajętych przez Niemcy zginęła w 1942 roku. Zdaniem Sarfattiego, już wiosną tego roku do Sekretariatu Stanu wpłynęło kilka listów informujących o „masowych rozstrzeliwaniach” i „zabójstwach aż do eksterminacji ludności żydowskiej włącznie” w Europie Wschodniej.
12 lipca 1942 były nuncjusz apostolski w Polsce po raz pierwszy napisał do watykańskiej centrali, że raport rządu polskiego doniósł o mordowaniu Żydów w komorach gazowych. Według włoskiego historyka jest to najwcześniejszy dokument w Watykanie, który wiarygodnie mówi o komorach gazowych.
Sarfatti powiedział też, że już 12 września 1942 kilku papieskich ambasadorów ze stolic europejskich wysłało do Sekretariatu Stanu wspólne pismo wzywające do wystąpienia Watykanu przeciwko okrutnej polityce okupacyjnej, która może doprowadzić do unicestwienia całych grup ludności. W liście tym wspomniano również o komorach gazowych.
7 listopada tegoż roku nuncjusz apostolski w Berlinie abp Cesare Orsenigo poinformował kardynała sekretarza stanu Stolicy Apostolskiej o zbliżających się wywózkach Żydów w III Rzeszy i pośrednio wezwał Watykan do interwencji, ponieważ „wewnętrzne siły” biskupów w Niemczech nie wystarczyły, aby to powstrzymać. Wreszcie, 14 grudnia niemiecki jezuita Lothar König po raz pierwszy napisał w liście do prywatnego sekretarza papieskiego Roberta Leibera o „wielkich piecach SS”, w których każdego dnia mordowano tysiące ludzi.
Jedyną publiczną reakcją papieża było jego orędzie na Boże Narodzenie z 24 grudnia 1942 r., w którym ubolewał, że „setki tysięcy niewinnych ludzi są niekiedy skazywane na śmierć tylko z powodu ich przynależności narodowej lub pochodzenia”.