Publikacja z 1998 r. pt. „Mistyczna namiętność. Duchowość i zmysłowość” opisywała związki mistyki z erotyką.
Relacje z przeżyć mistycznych przypominające opis związku między mężczyzną a kobietą zdarzają się u największych mistyków, takch jak św. Jan od Krzyża, św. Teresa z Avili, w pewnym stopniu są obecne także u św. Faustyny Kowalskiej. Czy jednak Victor Fernandez nie przekroczył granicy? Tego nie można ocenić, bo książka nie jest nigdzie dostępna. Mimo to wywołała ogromne kontrowersje po tym, jak media rozpowszechniły jej fragmenty, a także ilustracje. Jedną z nich była fotografia rzeźby przedstawiającej w śmiały sposób parę złączoną w uścisku.
Kard. Fernandez w rozmowie z portalem „Crux” tłumaczy, że dziś nie napisałby takiej książki. Wkrótce po jej opublikowaniu miał zabronić kolejnych wydań. „Projekt książki miał sens w tamtym czasie, ponieważ wcześniej rozmawiał z młodymi parami o duchowym znaczeniu ich związków” - przypomniał kard. Fernandez. Ale wkrótce po publikacji obawiał się, że może to zostać źle zinterpretowane. Dlatego też nie podobał mu się fakt, że praca została ponownie rozpowszechniona. „Dlatego nie sądzę, aby rozpowszechnianie jej teraz było rzeczą dobrą. W rzeczywistości nie autoryzowałem tego i jest to sprzeczne z moją wolą” - stwierdził.
„Długo po tej książce napisałem znacznie poważniejsze, takie jak: «Uzdrawiająca siła mistycyzmu» i «Przemieniająca siła mistycyzmu»” - przypomniał kard. Fernández.
„Mistyczna namiętność” to kolejna publikacja Victora Fernandeza wywołująca kontrowersje. Podobnie było w przypadku książki „Uzdrów mnie ustami. Sztuka całowania”, która - jak mówił autor – jest pochwałą pocałunku. Fernandez napisał ją, będąc duszpasterzem młodzieży.
Latem 2023 r. papież Franciszek mianował Victora Fernandeza szefem watykańskiej Dykasterii Nauki Wiary. Kilka miesięcy później Dykasteria opublikowała deklarację pt. „Fiducia supplicans”, zgodnie z którą księża w niektórych sytuacjach mogą błogosławić pary homoseksualne. Sprzeciw wobec tego dokumentu wyraziło wielu biskupów i całych episkopatów, zwłaszcza w Afryce.