„Franciszek grzesznik” – święty, który nie chciał zostać kardynałem

Podczas służby ożenił się z Eleonorą de Castro Melo e Menezes, która słynęła nie tylko z urody, ale i z niezwykłej pobożności i zacności. Mieli ośmioro dzieci. W 1539 r. podczas sejmu w Toledo niespodzianie zmarła młoda cesarzowa Izabela Portugalska. Franciszek towarzyszył z urzędu jej zwłokom do grobu w Grenadzie. Wielkie wrażenia na nim zrobiły zmiany, jakie poczyniła śmierć na twarzy cesarzowej – niegdyś niezwykle pięknej.

Postanowił odtąd służyć Bogu i wstąpić do zakonu, gdyby przeżył żonę. Niezwłocznie po pogrzebie pośpieszył do Toledo, aby zrezygnować z pełnienia urzędu, ale cesarz nie chciał się pozbyć się swego wierniejszego towarzysza i mianował go wicekrólem Katalonii. Franciszek Borgiasz w latach 1539-1543 rządził mądrze i sprawiedliwie i był dla wszystkich wzorem cnót. Co dzień odmawiał różaniec, a w każdą niedzielę i święto spowiadał się i przystępował do Komunii. Biczował się, a sypiał tylko cztery do pięciu godzin na dobę. Po śmierci ojca w 1543 r. zrzekł się godności wicekróla i wyjechał z Katalonii. Dbał o swoich poddanych. Starał się o poprawę ich moralności i warunków materialnych. Chciał też podnieść poziom oświaty.

Gdy umarła jego żona Eleonora, wypełnił postanowienie powzięte po śmierci cesarzowej Izabeli – wstąpił do zakonu jezuitów. Na wieść o tym, że papież Juliusz III chce mu ofiarować kapelusz kardynalski, uciekł z Rzymu i wrócił do Hiszpanii, gdzie w roku 1551 przyjął święcenia kapłańskie. W małej celi kolegium w Ognate przeżył kilka następnych lat na modlitwie i pokucie, pełniąc najniższe posługi. Codzienne robił rachunek sumienia, co doprowadziło go do takiej pokory, że uważał się za największego grzesznika na świecie. Listy podpisywał: „Franciszek grzesznik". W okolicy działał jako misjonarz. Tam, gdzie przychodził, zbierały się tysiące ludzi, by go słuchać i doznać od niego pociechy. Później św. Ignacy wysłał go na dwa lata, by był kaznodzieją i spowiednikiem przy dworze portugalskim.

Pięć razy papież ofiarował mu godność kardynalską, on jednak za każdym razem odmawiał. Nie chciał piastować żadnych stanowisk, ale przekonano go, że jego pochodzenie, zdolności i wykształcenie powodują, że powinien kierować innymi. Dlatego w 1554 r. został prowincjałem Hiszpanii, Portugalii i Indii, a jedenaście lat później wybrano go na generała zakonu, którym rządził z niezwykłą mądrością.