Naukowcy znaleźli tajemniczy gen w SARS-CoV-2. Wcześniej go nie zauważano

Zespół naukowców z różnych krajów znalazł tajemniczy gen w kodzie genetycznym koronawirusa SARS-CoV-2. Jest to praktycznie niewidoczny segment w genomie wirusa. Zdaje się, że do tej pory go nie zauważano. Naukowcy stwierdzili, że może to odegrać ważną rolę w rozprzestrzenianiu się infekcji. Odkrycie opisano w artykule naukowym opublikowanym w czasopiśmie „eLife”.

W naukowym artykule czytamy, że tajemniczy gen koronawirusa to ORF3d, który jest przykładem tzw. „genu w genie” lub „genu, który się nakłada”, co znaczy, że różne geny zakodowane są na tym samym odcinku nici kwasu nukleinowego, a to z kolei może znacznie utrudniać naukowcom znalezienie tego typu genów. „Geny w genie” występują rzadko w komórkowych formach życia, jednak mogą występować w samych wirusach. „Pod względem wielkości genomu, SARS-CoV-2 i tego typu patogeny mają jedne z najdłuższych RNA” - wyjaśnia bioinformatyk Chase Nelson z Amerykańskiego Muzeum Historii Naturalnej.

Naukowcy wykorzystali zastrzeżony algorytm, którego celem jest zidentyfikowanie genów, które się nakładają. W poszukiwaniu ORF3d, biolodzy odczytywali genomy kilku koronawirusów powiązanych z SARS-CoV-2. Nie znaleźli go w podobnych wirusach nietoperzy. ORF3d znaleziono w RNA jednego z koronawirusów, którym zakażają łuskowce. Na początku pandemii, niektórzy naukowcy mówili już o tym, że to właśnie łuskowce mogły stać się pośrednim nosicielem SARS-CoV-2 między nietoperzem a człowiekiem.

Na razie nie wiemy jeszcze wiele o ORF3d.  Kiedy powtórzono ponownie analizę wcześniejszych badań krwi pacjentów z COVID-19, to wykazała ona, że ORF3d wywołuje w organizmie nosiciela silną odpowiedź przeciwciał. Wiadomo też obecnie, że gen ORF3d był błędnie sklasyfikowany jako gen niepowiązany, a więc jako gen ORF3b , który jest obecny w innych koronawirusach. Tymczasem ORF3d i ORF3b to dwa różne geny! „Świadomość istnienia takich genów i odkrycie ich funkcji może otworzyć nowe ścieżki walki z tymi patogenami, m.in. przez nowe typy leków” - twierdzi Chase Nelson.

Jedno jest pewne, że w przypadku wirusa, który ma tylko około piętnaście znanych genów, odkrycie innego, nie mówiąc już o nakładającym się genie, może przynieść znaczący postęp w walce z koronawirusem. Jak bardzo znaczący? Badania są w toku i będą raportowane.