Sobota, 26 września
O godz. 9.40 Benedykt XVI wyruszył z rzymskiego lotniska Ciampino w trzydniową podróż apostolską do Republiki Czeskiej, żegnany m.in. przez premiera Włoch Silvia Berlusconiego. W samolocie odbyła się konferencja prasowa, podczas której Papież odpowiadał na pytania dziennikarzy; wystosował również telegramy do prezydentów państw, nad którymi przelatywał.
Na praskim lotnisku Stará Ruzyne Ojca Świętego witali prezydent Václav Klaus, premier Jan Fischer, czescy biskupi oraz przedstawiciele różnych regionów kraju w strojach ludowych. W przemówieniu powitalnym Papież zaapelował do obywateli Republiki Czeskiej, by po odzyskaniu niepodległości i wolności religijnej odkrywali na nowo chrześcijańskie korzenie swej historii, tradycji i kultury.
Z lotniska Papież udał się do kościoła Matki Bożej Zwycięskiej, w którym czczone jest łaskami słynące «Praskie Dzieciątko» Jezus — po czesku Jezulatek. Jest to półmetrowa figurka z drewna, która — jak mówi tradycja — została wykonana na zamówienie św. Teresy z Avili; każdego roku modli się przed nią ponad milion pielgrzymów z różnych krajów świata. Przed świątynią Benedykta xvi powitał burmistrz Pragi Pavel Bem, który wręczył mu klucze do miasta. W kościele Papież pozdrowił licznie zgromadzone czeskie dzieci z rodzin wielodzietnych i ich rodziców; został powitany przez przewodniczącego Konferencji Episkopatu Czech abpa Jana Graubnera. W przemówieniu do wiernych Papież zwrócił uwagę na znaczenie życia rodzinnego oraz zachęcił do modlitwy o jedność i zgodę w rodzinach. Po krótkiej modlitwie złożył na ołtarzu dar: złotą koronę przeznaczoną dla Jezulatka. Następnie Ojciec Święty odjechał do nuncjatury apostolskiej na obiad.
O godz. 16.30 Benedykt XVI udał się na Hradczany, aby spotkać się z prezydentem Václavem Klausem. Kilkunastominutowa, prywatna rozmowa odbyła się w Sali Habsburgów zamku praskiego. Na zakończenie Papież wręczył prezydentowi mozaikę przedstawiającą św. Wacława, a prezydent ofiarował mu dwa kryształowe świeczniki i taboret do fortepianu. Następnie Papież przeszedł do Sali Hiszpańskiej, gdzie spotkał się z przedstawicielami władz Republiki Czeskiej i z członkami korpusu dyplomatycznego, do których wygłosił przemówienie poświęcone wolności widzianej z perspektywy wiary, a także 20. rocznicy «aksamitnej rewolucji».
Z zamku królewskiego Benedykt XVI udał się do katedry Świętych Wita, Wacława i Wojciecha, gdzie uczestniczył w Nieszporach wraz z kapłanami, klerykami, osobami konsekrowanymi i przedstawicielami ruchów kościelnych. W świątyni powitał go prymas Czech kard. Miloslav Vlk. W homilii Papież nawiązał do heroicznego świadectwa czeskich świętych począwszy od średniowiecza aż do naszych czasów. Nieszporami w katedrze zakończył się pierwszy dzień papieskiej podróży.
Niedziela, 27 września
Drugi dzień Benedykt XVI rozpoczął od wizyty w Brnie, stolicy regionu Morawy, dokąd udał się samolotem prezydenckim. O godz. 10 odprawił Mszę św. na błoniach obok lotniska. Szacuje się, że w uroczystości wzięło udział 150 tys. wiernych i było to największe zgromadzenie religijne od czasu powstania Republiki Czeskiej w 1993 r. Po Mszy św. Papież wygłosił rozważanie przed modlitwą «Anioł Pański», pozdrowił również pielgrzymów przybyłych ze Słowacji, Niemiec, Austrii i Polski. Z Brna powrócił do nuncjatury w Pradze.
O godz. 17.15 udał się do pałacu arcybiskupiego na Hradczanach, gdzie odbyło się spotkanie ekumeniczne. Papieża przywitał przewodniczący Ekumenicznej Rady Kościołów pastor Pavel èerny, który wspomniał m.in. o pozytywnym wpływie Jana Pawła II na czeski ekumenizm. Nawiązując do 20. rocznicy obalenia reżymu komunistycznego i odzyskania wolności religijnej, powiedział, że w okresie prześladowań między chrześcijanami różnych wyznań zrodziły się autentyczne więzy współpracy. Benedykt XVI mówił o wspólnych zadaniach chrześcijan wszystkich wyznań, którzy powinni przekazywać Europie i światu orędzie zbawienia, pomimo iż dochodzi do prób marginalizacji wpływu chrześcijaństwa na życie publiczne.
Ostatnim punktem programu dnia było spotkanie Benedykta XVI ze światem akademickim, które odbyło się w Sali Władysławowskiej zamku praskiego. W słowie powitalnym rektor Uniwersytetu Karola prof. Václav Hampl mówił o chrześcijańskich korzeniach tej największej czeskiej uczelni, która do dziś ma w swym logo św. Wacława jako patrona. Papież w przemówieniu poruszył problematykę prawdy, wolności i dialogu między kulturami. Podkreślił, że wolność «jest ukierunkowana na poszukiwanie prawdy», zaś «głębokie pragnienie wolności i prawdy jest niezbywalną częścią naszej wspólnej ludzkiej natury».
Poniedziałek, 28 września
W trzecim dniu pielgrzymki Benedykt XVI udał się do Starego Bolesławca, gdzie nawiedził bazylikę św. Wacława, zbudowaną na miejscu jego męczeńskiej śmierci. Przed świątynią oczekiwało Papieża ok. 50. tys. wiernych, w których imieniu powitał go metropolita praski kard. Miloslav Vlk. Następnie Ojciec Święty zszedł do podziemi bazyliki i tam modlił się przed relikwiami św. Wacława; spotkał się też ze starszymi i chorymi kapłanami, dzięki którym Kościół czeski przetrwał komunistyczne prześladowania.
Gdy Benedykt XVI przybył na błonia w Starym Bolesławcu, długo przejeżdżał papamobile między sektorami, entuzjastycznie witany przez wiernych, zwłaszcza przez licznie zgromadzoną młodzież. Homilię rozpoczął od złożenia życzeń imieninowych obecnemu na Mszy św. prezydentowi Václavowi Klausowi i wszystkim innym solenizantom. Następnie, nawiązując do postaci św. Wacława, mówił o społecznym wymiarze świętości w naszych czasach. Pod koniec Eucharystii młodzi ofiarowali Papieżowi album fotograficzny, prezentujący różne formy duszpasterstwa młodzieży, oraz czek na 290 tys. koron, przeznaczony na pomoc humanitarną dla ubogiej młodzieży afrykańskiej. Ojciec Święty skierował do młodzieży specjalne przesłanie, w którym ukazał Chrystusa jako prawdziwą, pełną i zadowalającą odpowiedź na pragnienie szczęścia. Na zakończenie zwrócił się z pozdrowieniami do grup młodzieży przybyłej na spotkanie z sąsiednich krajów. Po polsku powiedział: «Słowa pozdrowienia kieruję do obecnych tu Polaków, szczególnie do młodych, którzy towarzyszą braciom Czechom w duchu żywej przyjaźni. Wspierajcie się wzajemnie radosnym świadectwem wiary, abyście wzrastali w miłości Chrystusa i w mocy Ducha Świętego ku pełni waszego człowieczeństwa i ku świętości! Niech Bóg wam błogosławi!»
Ze Starego Bolesławca Papież powrócił do Pragi, gdzie w pałacu arcybiskupim spożył z biskupami obiad; była to okazja do nieformalnego z nimi spotkania i omówienia wyzwań stojących przed czeskim Kościołem.
Z pałacu arcybiskupiego Benedykt XVI powrócił do nuncjatury, a stamtąd, po godz. 17, udał się na stołeczne lotnisko, gdzie pożegnał go prezydent Václav Klaus. Podziękował on Ojcu Świętemu — przemawiając w języku włoskim — za przekazywanie swoich poglądów «nie zawsze politycznie poprawnych». Stwierdził, że pielgrzymka Ojca Świętego była wielkim sukcesem i z pewnością przyniesie trwałe owoce w przyszłości, także w relacjach Stolicy Apostolskiej z Republiką Czeską. W przemówieniu pożegnalnym Papież podziękował Czechom za serdeczne przyjęcie i raz jeszcze wskazał na wielkie znaczenie chrześcijaństwa w dawnych i najnowszych dziejach ich kraju.
O godz. 17. 45 Benedykt XVI odleciał prezydenckim samolotem do Rzymu, kończąc swą 13. apostolską podróż zagraniczną.
