Postępowanie przeciwko socjolog zostało zainicjowane z powodu skargi grupy studentów uczestniczących w wykładach prof. Budzyńskiej, którzy sprzeciwili się m.in. nazywaniu dzieckiem człowieka na prenatalnym etapie rozwoju czy definiowaniu małżeństwa jako związku kobiety i mężczyzny.
Prof. Ewa Budzyńska prowadziła zajęcia pt. „Międzypokoleniowe więzi w rodzinach światowych”. Dotyczyły one odmienności kulturowych w rodzinach wyznawców różnych religii. Po zajęciach na temat rodziny w kontekście nauki chrześcijańskiej, grupa studentów złożyła do władz uczelni skargę na prof. Ewę Budzyńską. Nie spodobało im się m.in. nazwanie człowieka w prenatalnej fazie rozwoju dzieckiem czy pokazanie badań wskazujących na negatywny wpływ opieki żłobkowej na rozwój dzieci. Studentów oburzyło także przedstawienie definicji małżeństwa jako związku kobiety i mężczyzny. Zaprotestowali również wobec prezentacji wyników badań pokazujących skutki pozostawania dzieci w konkubinatach jednopłciowych. Ich sprzeciw dotyczył ponadto krytycznego stosunku prof. Budzyńskiej do eutanazji oraz jej rzekomego „antysemityzmu”, który miał się objawiać w przytoczeniu dowcipu zaczerpniętego z kultury żydowskiej.
W związku ze skargą, Rzecznik Dyscyplinarny Uniwersytetu Śląskiego prof. Wojciech Popiołek wszczął postępowanie wyjaśniające. Zakończyło się ono skierowaniem do Uczelnianej Komisji Dyscyplinarnej wniosku o zainicjowanie postępowania dyscyplinarnego i ukaranie prof. Budzyńskiej karą nagany. W trakcie postępowania wyjaśniającego przesłuchano tylko niektórych świadków, przesłuchiwanemu studentowi okazano protokół zeznań jego poprzednika czy wydawano świadkom protokoły z ich zeznaniami.
W toku postępowania dyscyplinarnego doszło do niejasnej zmiany całego składu orzekającego Komisji, w tym wykluczenia członka NSZZ „Solidarność”. Komisja oddaliła też wszystkie wnioski dowodowe złożone przez pełnomocników prof. Budzyńskiej. Ostatecznie do wniosku o ukaranie socjolog przychyliło się dwóch z trzech członków organu orzekającego. Jeden z członków złożył zdanie odrębne. Prof. Ewa Budzyńska została ukarana naganą.
Instytut Ordo Iuris złożył odwołanie od tej decyzji do Komisji Dyscyplinarnej przy Ministrze Edukacji i Nauki. Komisja stwierdziła, że wypowiadanie się przez socjolog na temat aborcji, eutanazji, skłonności seksualnych czy modelu rodziny nie może być uznane za przewinienie dyscyplinarne. Tym samym, orzeczenie skazujące prof. Budzyńską zostało uchylone. Postępowanie dyscyplinarne umorzono zgodnie z założeniami nowelizacji Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce.
Prof. Wojciech Popiołek złożył apelację od orzeczenia Komisji ministerialnej. Prawnicy Instytutu Ordo Iuris wskazywali na jej bezzasadność. Zwrócili także uwagę, że apelacja złożona przez oskarżyciela dyscyplinarnego nie jest właściwym środkiem odwoławczym w tego typu postępowaniu – zgodnie z art. 295 ust. 2 Prawa o szkolnictwie wyższym i nauce, „od prawomocnego orzeczenia komisji dyscyplinarnej przy ministrze stronom przysługuje odwołanie do Sądu Apelacyjnego w Warszawie – Sądu Pracy i Ubezpieczeń Społecznych. Do odwołania stosuje się przepisy ustawy z dnia 17 listopada 1964 r. – Kodeks postępowania cywilnego dotyczące apelacji”.
Obrońcy prof. Ewy Budzyńskiej zawnioskowali także o wyłączenie Rzecznika Dyscyplinarnego prof. Wojciecha Popiołka ze względu na uzasadnione wątpliwości co do jego bezstronności. Dla uzasadnienia swojego wniosku powoływali się na to, że, w ocenie Komisji odwoławcze,j sposób prowadzenia wobec prof. Budzyńskiej postępowania wyjaśniającego przez Rzecznika Dyscyplinarnego prof. Wojciecha Popiołka i postępowania dyscyplinarnego przez Komisję Dyscyplinarną Uniwersytetu Śląskiego naruszał „elementarne zasady bezstronności”. Zdaniem komisji drugiej instancji, w związku z postępowaniem wobec prof. Ewy Budzyńskiej, doszło do naruszenia wolności słowa i tolerancji dla różnych poglądów, które powinny być respektowane na każdej uczelni.
Co więcej, Rzecznik Dyscyplinarny, skarżąc orzeczenie drugiej instancji oczyszczające z zarzutów prof. Ewę Budzyńską, wskazał, że nie doręczono mu odpisu odwołania obrońców od orzeczenia uznającego winę. Prawnicy zwrócili uwagę na brak organizacyjnego i personalnego rozdzielenia sekretariatu Uczelnianej Komisji Dyscyplinarnej orzekającej w sprawie w pierwszej instancji (do której wpłynęło odwołanie) i Rzecznika Dyscyplinarnego, występującego w sprawie jako strona postępowania. Podkreślano, że nie tylko adres do doręczeń w obu przypadkach jest tożsamy, ale Rzecznik Dyscyplinarny, czyniąc zadość wymogom formalnym pisma procesowego do Sądu Apelacyjnego w Warszawie, jako swój adres do korespondencji wskazał numer telefonu i adres mailowy pracownika sekretariatu, który na wcześniejszym etapie postępowania zajmowała się obsługą sekretariatu ramienia Komisji Dyscyplinarnej, która w pierwszej instancji ukarała prof. Ewę Budzyńską. Przekładając taką sytuację na realia postępowania karnego – za niedopuszczalne uznane byłoby posiadanie wspólnego zaplecza administracyjnego przez prokuraturę i sąd. Wówczas podział na organ orzekający oraz strony postępowania byłby fikcyjny, skoro jedna ze stron związana jest tak mocno z organem orzekającym, nie posiadając nawet odrębności organizacyjnej od niego.
Sąd Apelacyjny w Warszawie odrzucił wniosek o wyłączenie prof. Wojciecha Popiołka oraz nakazał ponowne rozpatrzenie sprawy prof. Ewy Budzyńskiej przez Komisję Dyscyplinarną przy Ministrze Edukacji i Nauki. Zdaniem Sądu Apelacyjnego, Komisja drugiej instancji nie rozpoznała istoty sprawy prof. Budzyńskiej.