Pierwsze miesiące wojenne oznaczały dla o. Kolbego areszt i pobyt w obozie jenieckim Amtitz. Został z niego zwolniony wraz z grupą braci w grudniu 1939 r. Nie na długo jednak.
Ojciec Maksymilian powrócił do Niepokalanowa 8 grudnia 1939 roku: było przed nim jeszcze czternaście miesięcy wolności w trudnych, wojennych warunkach, zakończone ostatecznym aresztowaniem.
Po raz kolejny gestapo zjawiło się w klasztorze 17 lutego 1941 r. Padł rozkaz, aby wszyscy zakonnicy zebrali się na placu. W tym czasie było ich ponad sześciuset, w tym sześciu księży. Maksymilian został aresztowany wraz z czwórką innych kapłanów. Mieli oni rzekomo stanowić zagrożenie dla bezpieczeństwa wojsk niemieckich. Co więcej, ojciec Maksymilian został oskarżony o pomoc polskiemu ruchowi oporu, pod zarzutem oddania do użytku maszyn drukarskich do drukowania tajnych gazet. Zarzuty były pozbawione podstaw. Owszem, zwracano się do niego w tej sprawie, ale zakonnik stanowczo odmówił. Wiedział, że gdyby wyraził zgodę, naraziłby na szwank pracę apostolatu. Miał więc kontakty z podziemnym ruchem oporu, ale bezpośrednio nie współpracował z nim. Na pytania gestapo odmówił udzielenia jakiejkolwiek na ten temat.
Pięciu więźniów przewieziono do Warszawy i zamknięto w więzieniu na Pawiaku. Ojciec Maksymilian przebywał tam do maja 1941 r., czyli zaledwie trzy miesiące. Już na początku kwietnia jego współbracia zostali wysłani do Auschwitz, on jednak zachorował na zapalenie płuc i przez to pozostał w areszcie. O jego uwolnienie starał się prowincjał, a dwudziestu braci ofiarowało się jako zakładnicy w jego miejsce. Jednak wszystko to było na próżno.
Maksymilian na początku marca znalazł się w celi, w której było także dwóch innych więźniów. Jeden z nich przekazał naoczną relację o świadectwie heroicznego męstwa franciszkanina. Ojciec Maksymilian nosił wtedy jeszcze czarny habit franciszkański. W kilka dni po przydzieleniu go do tej celi, strażnik sekcji głównej przeprowadził inspekcję. Kiedy strażnik zobaczył ojca Maksymiliana w zakonnym habicie, zatrzymał się krótko. Jego twarz zaczerwieniła się ze złości. Popatrzył na niego chwilę, po czym zwrócił się pytająco do współwięźnia. Następnie podszedł do franciszkanina i chwycił za krucyfiks, który wisiał na białym sznurku wokół jego pasa. „I ty w to wierzysz?” krzyknął do o. Maksymiliana. Padła spokojna odpowiedź: „Jak najbardziej, wierzę w to!”Strażnik zrobił się czerwony z wściekłości i brutalnie uderzył kapłana w twarz. Trzy razy powtórzył swoje pytanie, wzmacniając je kolejnymi ciosami. Trzy razy przyszła ta sama odpowiedź. Jego kolega z celi miał ochotę w tym momencie rzucić się na okrutnego strażnika, ale powstrzymał się, zdając sobie sprawę z bezsensu takiego działania.
Mimo uderzeń franciszkanin zachował spokój i gdyby nie pręgi na jego twarzy, trudno byłoby się zorientować, że doszło do tego zdarzenia. Po odejściu strażnika Maksymilian zaczął powoli chodzić po celi tam i z powrotem. Widział, że jego współtowarzysze są rozdrażnieni i zaniepokojeni. Aby ich uspokoić, powiedział: „Nie ma powodu do niepokoju. Macie wystarczająco dużo własnych poważnych kłopotów, więc to wszystko nieważne. Wszystko to jest dla naszej Matuchny”.
Niedługo potem polski strażnik, który był świadkiem tego zdarzenia, przyniósł ojcu Maksymilianowi więzienne ubranie, wiedział bowiem, że to habit i krucyfiks wzbudziły gniew głównego strażnika. Jakiś czas potem o. Kolbe zachorował na zapalenie płuc. Wtedy zabrano go z celi i umieszczono w infirmerii.
Nie wiemy, co działo się przez większą część kwietnia. Kolejny raz o. Kolbe dał znak życia 1 maja. Pozostały dwie notatki, które tego dnia napisał do braci w Niepokalanowie. W pierwszej z nich informował ich jedynie, że może otrzymywać paczki żywnościowe pierwszego i dwudziestego dnia każdego miesiąca. Druga notatka była potwierdzeniem paczki wysłanej w okresie wielkanocnym.
Z tego listu dowiadujemy się także, że o. Maksymilian został zwolniony z infirmerii więziennej i przeznaczony do pracy w bibliotece. 12 maja naczelnik więzienia polecił o. Maksymilianowi napisać do braci prośbę o cywilne ubranie. Maksymilian, wierny swemu ślubowi ubóstwa, powiedział braciom, że nie ma potrzeby wysyłać nowych spodni, bo „moje są jeszcze w dobrym stanie”. Potrzebował jednak kurtki roboczej, kamizelki i wełnianego szalika. Zapewne wiedział, że jego przeznaczeniem jest kolejny obóz koncentracyjny.
Zgodnie z przeczuciami, kilka dni później miał rozpocząć się ostatni etap jego ziemskiej pielgrzymki. Był 28 maja 1941 r. Wraz z Maksymilianem do Auschwitz przyjechało 400 innych więźniów z Pawiaka, w tym 14 kapłanów. Wszyscy zostali wsadzeni do wagonów bydlęcych wcześnie rano, na miejsce dotarli zaś późnym wieczorem. Decyzja władz niemieckich o przeniesieniu o. Maksymiliana do obozu w Auschwitz oznaczała, że miała się spełnić zapowiedź męczeństwa, którą otrzymał od Maryi w latach dziecięcych. To tu Matka Boża miała mu wręczyć czerwoną koronę męczeństwa, którą zechciał przyjąć od niej – obok białej, oznaczającej czystość
Materiał powstał w ramach projektu „Polska energia zmienia świat” dzięki wsparciu Partnerów: Fundacji PGE, Fundacji PZU, dofinansowaniu ze środków Instytutu Dziedzictwa Myśli Narodowej im. Romana Dmowskiego i Ignacego Jana Paderewskiego w ramach Funduszu Narodowego; Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego i Funduszu Patriotycznego oraz Sponsorów ENEA S.A. , KGHM Polska Miedź. Mecenasem Projektu jest Tauron Wytwarzanie S.A. Partnerem medialnym jest telewizja EWTN.